O magistrado Moraes defende a nomeação de Paulo Gonet, uma figura já conhecida por sua passagem pelo Tribunal Superior Eleitoral, para o cargo de Procurador-Geral da República (PGR). Além disso, ele também sugere que a próxima vaga no Supremo Tribunal Federal seja ocupada por Luís Felipe Salomão,
membro do Superior Tribunal de Justiça (STJ). Essas indicações, contudo, têm sido motivo de inquietação para o presidente Lula.
A indicação de Gonet por Moraes traz à tona a preocupação de que a nomeação pode reforçar ainda mais o poder e a influência do próprio Moraes, bem como de Gilmar Mendes, outro ministro do STF. A interpretação nos bastidores é que isso poderia minar a autonomia decisória do presidente da República no Judiciário, deixando-o em uma posição de submissão.